Авиакомпания «Волга-Днепр» была создана в 1990 году в г. Ульяновске под уникальную задачу — использование Ан-124 в коммерческих целях для транспортировки проектных негабаритных и сверхтяжелых грузов. Свой первый коммерческий рейс «Волга-Днепр» совершила 1 августа 1991 года на самолете Ан-12 по маршруту Ульяновск—Москва—Самара—Ульяновск. А в сентябре того же года авиакомпания доставила на Ан-124 120 т груза из Амстердама в Алма-Ату. Для приобретения навыков и опыта работы на международном рынке молодой авиакомпании был необходим иностранный партнер. Им стала британская компания HeavyLift, которая к тому времени уже 15 лет работала на рынке перевозок специальных грузов. Первые несколько лет работы «Волга-Днепр» выдались непростыми, поскольку пришлось конкурировать с другими перевозчиками, которые к тому времени на рынке были уже несколько лет.
Первое десятилетие истории «Волга-Днепр» стало периодом быстрого роста авиакомпании, к началу нового тысячелетия авиакомпания обладала самым большим в мире парком Ан-124 (10 самолетов) и контролировала 60% мирового рынка негабаритных грузов. Феномен Компании объяснялся прежде всего тем, что ни другие российские, ни зарубежные авиакомпании не имели самолетов, способных перевозить не только моногрузы весом до 120 т, но и конструкции длиной до 20 м, 50 легковых автомобилей в два яруса или 12 морских стандартных шестиметровых контейнеров.